UVMapperというソフトを使ったことがないので良く解りませんが、
とりあえず詳細を調べるために、ごくシンプルな形状で構いませんので
その問題となるファイルをお送りいただけませんか？

ファイルサイズが数十KB以下ならBBSに直接添付でも構いませんが、
それより大きければメールにてお送り下さい。
ただ5MB以上になるとメールでも困りますので、とりあえずご連絡下さい。
よろしくお願いいたします。

>Objで保存した物をUVMapperでマッピングし、
>Metasequoiaで開けるのですが、
>グループ分けされていなく一つのオブジェクトになっています。

メタセコイアの標準のインポートはグループ分けには対応していません。
ですが、いくつかのインポートプラグインがグループ分けに対応しています。それを使いましょう。

なおuvmapperはお手軽ですが、今では低性能です。
違うソフトを使うことを強くお勧めします。

O.Mizno様、objをちょっと知っている人様コメントありがとうございます。
こちらのフィードバックが遅くなってすいません・・・。

あれから、自分なりに必死に（？）なってMetasequoiaの事や他の事を調べて、
objをちょっと知っている人様の言われるように、obj用のプラグインがありました^^；
今はそれを使わせて頂いています。
O.Mizno様にメールをお送りしようかと思ったのですが、その前にここの掲示板を見たら
objをちょっと知っている人様の問題解決になるコメントもありましたので、お送りする
必要がなくなったかな・・・と（汗）O.Mizno様、親切に対応して下さってありがとうございますｖ

でも折角なので、また要望を書いても良いですか？
（素人判断なので無理な要望でしたら聞き流してください。）
Metasequoiaには色々便利な機能がついているのですが、私が欲しいなと思う機能は、
他のオブジェクトの頂点も選択できるような機能と、グループ毎にカラー分け出来るような機能、
選択部分を視点の中心に持ってこれる機能、PhotoShopだとレイヤーをCtrl+クリックで選択部分が呼び出せますが
そのような機能、あとパスはできますがぺジェ曲線のようなものは出来ないのでしょうか・・・？
一度に色々書いてすいません・・・。

objをちょっと知っている人様が＞なおuvmapperはお手軽ですが、今では低性能です。
違うソフトを使うことを強くお勧めします。
と言われているのですが、他のソフトとはどういう物がありますか？
何も知らなくてお恥ずかしいですが、宜しければ教えて下さい。 宜しくお願いします。

>他のオブジェクトの頂点も選択できるような機能

コマンド>編集オプション>[現物]ボタンをオフにすればできます。

>グループ毎にカラー分け出来るような機能、

この「グループ」が何を指しているのか良くわからないのですが。

>選択部分を視点の中心に持ってこれる機能

[Ctrl]+Fでできます。

>他のソフトとはどういう物がありますか？

メタセコイアのUV編集機能はかなり高機能で使いやすいと思います。