ある程度試してみても再現しないのでいくつか質問ですが
・1個目のテクスチャと2個目のテクスチャというのは「模様」と「透明」で間違いないでしょうか？
・crashlog.***.txtはC:\Users\(username)\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4に出力されていませんか？
・再現性はどの程度ありますか？同じような手順で割と高い頻度で起こるのか、この１回きりか
・表示モード(Direct3D 9/Direct3D 11/OpenGL)はどれでしょうか？

横から失礼します。

テクスチャ関係のエラーだと思うのでこちらに投稿させていただきます。
レンダリング時にらくとさんと同じようなエラーメッセージが出たので
テクスチャを全て消してからレンダリングすると正常にレンダリングされました。
下記がクラッシュログです（一部抜粋）。

Metasequoia Ver4.0 Beta3 (64bit) is running.
Windows version : 6.1  (Windows 7 x64)
Direct3D11 Driver: NVIDIA GeForce GTX 660

Exception code: c0000005 (EXCEPTION_ACCESS_VIOLATION)
Access violation at address 000000013F82F103. Read of address 000000000852138E.
Module: E:\Program Files\tetraface\Metasequoia4\Metaseq.exe

0x000000013F82F103 Metaseq.exe: GetMapInterpolate + 323 bytes, d:\release\metaseq40_beta3\metaseq\raytracer.cpp(324) + 57 bytes
0x000000013F82F70F Metaseq.exe: MRayTracer::CalculateShading + 543 bytes, d:\release\metaseq40_beta3\metaseq\raytracer.cpp(370)
0x000000013F82ECF6 Metaseq.exe: MRayTracer::Process + 1462 bytes, d:\release\metaseq40_beta3\metaseq\raytracer.cpp(249) + 51 bytes
0x000000013F6C385A Metaseq.exe: FThread::ThreadCallback + 26 bytes, d:\release\metaseq40_beta3\metaseq\libthread.cpp(21)
0x000000005D8A1D9F MSVCR100.dll: endthreadex + 67 bytes
0x000000005D8A1E3B MSVCR100.dll: endthreadex + 223 bytes
0x00000000774A652D kernel32.dll: BaseThreadInitThunk + 13 bytes
0x00000000775DC541 ntdll.dll: RtlUserThreadStart + 33 bytes