同じ現象を見たことがないのではっきりしたことはわかりませんが、
MSIベースのインストーラで同様の現象が他社製品でも起きることがあるようです。
http://forums.adobe.com/thread/1120511
要約すると次のような手順で解決できるようです。
1. Cドライブ直下にmsiインストーラを置く
2. スタートメニューのアクセサリ内「コマンドプロンプト」を右クリックして「管理者として実行」
3. コマンドプロンプト内で次のように入力(ファイル名のところは対象のmsiファイル名に合わせる)
msiexec /i "C:\Metaseq403_x64_jp.msi"