返信が遅れましてまことに申し訳ありません。
4.4.0で修正、となっておりますが、私が申し上げました内容は変化無しでした。
shiftかctrlを押せば元にもどるので、そのうち治るだろうから気長に待とうと思い、HP内「変更点についての詳細」のチェックを怠っていました、すみません。

私自身この症状の頻度は高くないためどうやって発生しているのかはわかりませんでしたが、私の環境で100%発生する手順が見つかりましたのでご報告申し上げます。
1,「近接する頂点をくっつける」「ペイントパネル」のショートカットを ctrl + shift + E や ctrl + shift + alt + p など ctrl + shift を含んだものにしておく。
2,選択コマンドないし「全て選択」などでいくつかの面や頂点を選択する。
3,移動コマンドに変え、ハンドルを表示しておく。
4,1の操作どれかを行う。
5,4の成否(くっつける等)にかかわらずハンドルが回転ツールのリング状のままになる。
6,複数の頂点や面を選択している場合、ハンドルに触れないように操作すれば移動はできるが右クリックマージが効かない。一度化けたらハンドルを消しても、別の面や頂点を選択しても戻らない。
7,ハンドルが表示された状態でctrlかshiftを1回押すか、ツールを切り替えるなどすれば元に戻る。

　全ての組み合わせを試したわけではありませんが、ctrl + shiftを含むショートカットを設定した場合にハンドル化けが発生するかは動作によって違うようです。「近接する頂点をくっつける」「ペイントパネル」では化けが発生しますが「材質を指定」「材質パネル」では発生しませんでした。
　「ハンドルの表示が正常な状態で右クリックマージした直後に4番の操作をしてもハンドルは化けない」「ハンドルが非表示の状態で4番の操作をしてもハンドルは化けない」など、化けにいたるにはいくつか条件がある模様です。
　メタセコイアがより良くなるための一助となれば幸いです。