シリアルIDの認証には問題ないということでしょうか。
その前提でまず２つ確認ポイントがあります。
・標準添付のプラグイン（ボーンやアーマチャーなど）は使えるか
・zipではなくmsiインストーラ版での動作はどうか？

後者ですが、インストーラ版とzip版ではプラグインの格納先が異なるので、混在させることはできません。
インストーラ版：C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4\Plugins
zip版：解凍先のPluginsフォルダ
となりますので、zip版ではバージョンアップのたびに入れ直す必要があります。

また「プラグインについて」内のインストールでは、別途ランタイムが必要なプラグインなどはインストールできないものがあります。
指定された方法があればその方法に従ってください。

　お返事ありがとうございます。

　確認ポイントひとつめ、ボーンやアーマチャーなどの標準添付プラグインは「ヘルプ→プラグインについて」で表示されてますし、コマンドパネルにも表示されているため、問題無いと思います。ただ、ボーンもアーマチャーも私は使わないもので、正常に動作しているかはわかりません。「ヘルプ→プラグインについて」で確認できるもののなかで「厚みをつける」「ワイヤー化」「隣り合う三角形面を四角形化」「ワイヤーを消去」は以前と変わらず動作しているように見えます。「標準添付でない、自分で入れたプラグインが突然使えなくなった」が正確だったかもしれません。タイトルが不正確かも知れず申し訳ありません。


　確認ポイントのふたつ目、msiインストーラー版その他でチェックして見ました。

413～452-64bit/zip、434-64bit/msi、452-64bit/msi。
　標準添付プラグインでないものは動作せず、「ヘルプ→プラグインについて」からプラグイン(64bit版向け)のインストールを試みても「何らかの原因でインストールに失敗しました」と表示されて失敗します。

434-32bit/msi、452-32bit/zip、452-32bit/msi。
　「ヘルプ→プラグインについて」からプラグイン(32bit版向け)のインストールで成功し、特に問題なく動作しているように見えます。

　整理して見ると、「OSは64bitなのに突然64bit版の標準添付でないプラグイン(64bit版向け)が使えなくなった」ということのようです。今のところ、zip版かインストーラー版かは関係が無いように思えます。

弊社で64bit版で動作確認してみましたが、少なくとも弊社Webサイトから提供しているindexerプラグインについては問題なくインストールできました。

特定のプラグインに起因する問題の可能性もあると思いますので、まずは上記indexerでお試しいただけませんか。
［ダウンロード > 周辺ソフトウェア］から入手可能です。

また、問題が発生しているプラグインについてWebから入手できるものでしたら弊社でも調査したいと思いますので、入手先をお伝えいただけますでしょうか。

　素早いお返事ありがとうございます。

　434-64bit/zip、452-64bit/zip、452-64bit/msi、452-32bit/zipについて、indexerプラグインのインストールを「ヘルプ→プラグインについて→インストール」で試み、全て成功しました。

　私が使っているプラグインはこの2種です。
頂点座標詳細表示 ViewPoint　https://bowlroll.net/file/41919
頂点ナイフ for V4 ver.1.1　https://bowlroll.net/file/42597
　たった2つではありますが、私にとってはとても重要です(特にViewPoint)。

　プラグイン側に問題があるということになるのでしょうか？先月までは問題無く使えています。前月末から今月初めは作った3Dモデルを別のソフトで使っていたもので、つい数日前まで半月ちょいの間メタセコイアはお休みでした。追加で必要になった3Dモデルを作ろうとしたところ、この2種が使えないことに気付いたのです。メタセコイアお休み中にあったPCの変化は、半年ちょいたまったwindowsアップデートと、HDDの構成変更(osとメタセコイアが入っているドライブは変更無)したことくらいです。

弊社でも当該２プラグインを試してみましたが、問題なくインストールできました。

プラグインの添付文書には別途ランタイムが必要の旨記載されておりますが、
こちらが該当していないでしょうか？