>モーションを自前で作成する必要がある場合などは、メタセコイア上ではできない、ということですか？
メタセコイアはモデリングソフトウェアです。モーションデータの作成には別のソフトを併用してご利用ください。
>また、FBXを読み込んだ際のボーンの件は、如何でしょうか？
こちらはどのように確認しているのでしょうか？
詳細がわからないと何とも言いようがありませんが、弊社では以下のサイト等を参考に、FBXのインポート後、Mecanim向けのRig設定をすることで、Humanoid用ボーン情報を正しく読み込めることを確認しています。
http://qiita.com/yando/items/601e6fd35002e77ae9c8
> 人型ではないもの等、
FBXを別のソフト（例えばMayaなど）で読み込みアニメーションを付けて再出力した場合に、HumanoidだけでなくGenericとしてもボーンが正しく動作すること確認済みです。
ただ、Genericでのボーン自体の表示方法は弊社では把握しておりません。Unityそのものの使い方については弊社ではサポートできかねますので、Unity開発元などへお問い合わせください。