>ウエイト
は曲面のウェイト
>素材レイヤー
は材質（マテリアル）のことでよろしいでしょうか？

ボーンや曲面ウェイトに対応しているファイルフォーマットは少ないこともあり、挙げられた項目すべてをMetasequoia 4で出力可能なのはFBXが唯一となります。
（EX版のみ、ただしボーン情報の入力は4.5.5では非対応、近日リリースの4.5.6で対応予定）

他の形式の場合、例えばPMDでは曲面ウェイトやオブジェクトレイヤーが、OBJなどではボーン情報がファイルフォーマットのレベルの非サポートです。
またフォーマット自体はサポートしていてもMetasequoiaや他のソフトで対応していない、または対応していてもデータ構造の違いによりデータの変換・欠損等が生じることがあります。
（Metasequoiaでどの項目に対応しているかはすべてヘルプに記載してあります）

そのため、どのフォーマットなら大丈夫ということはなく、特定のソフト間ではどの形式を使えば最も問題なくデータを交換できるかそれぞれ確認しておく必要があります。
非サポートの項目を除けば、FBXやOBJ、STLあたりは対応しているソフトも多く、比較的問題が少なくデータ交換できることが多いと思います。