MMD用テンプレートはMMDに添付されているサンプルデータとまったく同じボーン構造となっているので、つま先と足でIKが分かれているのが標準通りの構造です。
比較しながらボーン構造がどうなっているかよく確認してみてください。

アップした画像はPMDEditor 0.1.0.0によるものです。
現行バージョンのPMXと兼用のPMDEditor 0.1.3.9で編集したものは、
PMDでモーションを入れた時、勝手に足首がくるくる回る事があったので、
私は旧品のPMD専用バージョンのPMDEditor 0.1.0.0を使っています。
PMD専用バージョンだと、アップした画像のように最初に書いたとおりになります。
PMDEditor 0.1.0.0はPMDモデルを編集する場合、一番安定していると思われます。

検証していただいてると思いますが、一応。
MMDに添付されているサンプルデータをMetasequoia4で読むと『足IK』が『つま先IK』に変化してしまい、
MMD用テンプレートと比較しながらボーン構造がどうなっているかを確認できません。
そしてMetasequoia4で読んだMMDに添付されているサンプルデータを再びPMDに出力すると、
『足IK』が『つま先IK』に変化したまま定着し、オリジナルと別物になってしまいます。

現在検証中です。PMDエディタの最新版にはないようなので、こういうパラメータがあること自体気付いておりませんでしたので、何のためのものかもまだよくわかっておりませんが・・・

お忙しいところありがとうございます。メタセコイアの方が正解な様な気もしますが…
えっと、見た目ですぐにPMDモデルの不具合を発見できる情報を追加します。

MikuMikuDanceの方もPMXが出てから大きく変化していますので、
PMD検証用には最新のMikuMikuDance_v926ではなく旧品のMikuMikuDance_v739dotをお使いください。
v739dotはPMXも読めますが、PMDの安定バージョンでPMDモデルの不具合を発見しやすいです。
v739dotはMMDに添付されているPMDサンプルデータはもちろん正常に読み込めますが、
Metasequoia4を通して再出力したMMDに添付されているPMDサンプルデータは（v739dotで落ち易い）
つま先IK系に加え、髪とネクタイのIK系ボーン目掛けて『不正箇所を指摘する斜線が入ります』
他にもv739dotは不具合ボーンが正直に不具合に動くので不具合を発見しやすいです
（腕の折れるようなねじれや足首の異常な回転など補正されずにそのままに表現してくれます）

PMDEditorでは、ファイル→PMDデータの状態検証でボーン関連のところが不正表示されますので、ここをチェックしてください。

元々実害はないようですので軽微な変更のためリリース情報には明記はしていませんが、Ver4.5.7で状態検証してもエラーがでないよう修正しています。

影響ボーンについては、MMDに含まれるサンプルデータでなぜこういう構造になっているか自体が不明ですが、
現在のものでも特に問題はないようですので、そのままとしています。

修正ありがとうございます。
記事[6741]にもちょっと書きましたが、これが原因かわかりませんがMMDが頻繁に落ちてました。
今出先なのでVer4.5.7は後で試してみます。
しかし、この構成のまま準標準ボーン系に改造したりするとオリジナルのを改造したものと違うものになりますね。