obj形式のグループ情報（レイヤー）ですが、出力はだいぶ昔から対応していますが、入力のほうは対応したのがつい最近のVer4.5.7からです。
obj形式の入力でグループ情報が必要な場合は最新のMetasequoia 4をご利用ください。

まず、問題を切り分けましょう。
MetasequoiaとZBrushを使っていてMetasequoiaで出力したデータをそのままもう一度Metasequoiaで読み込んでみればいいだけです。
この場合、ZBrushは関係ありません。

後は、一つのパーツとして読み込まれてしまうようになりました。
とありますが以前はOBJでもレイヤーが分かれて読み込まれていたということでしょうか？

MetasequoiaのVer3.1のOBJインポーターはMetasequoiaでレイヤー分けした情報は読み込まれません。
統合して1オブジェクトで読み込まれる状態が正しいです。
オブジェクトが分かれて読み込まれるのは、Ver4で最近対応されました。

もしこれまで、OBJが分割されて読み込まれていたならメタセコ標準のインポーターではなくダウンロードしてきたプラグインのインポーターを使用されていたのではないでしょうか？
ファイルを開くで、ファイル名の横の形式の部分で確認してください。
標準のOBJインポーターは、「Wavefront(*.obj)」です。

また、頂点が接続されてしまったということならインポート時に「近接頂点を接合」にチェックが入ってしまったのではないしょうか。

大変ご丁寧な対応をいただきありがとうございます
メタセコVER4だと正確にレイヤー分けされて保存されるということでしょうか

それならこの機会にアップデートしてみたいと思います
因みにBLENDERやZBRUSHとの連携の親和性はver4,4EXで差はあるのでしょうか
どちらを購入するのかの参考にしたいのでよろしくお願いします

EX版ですと、FBXのエクスポート、インポートができるのでボーン付きデータの連携製が高いです（他で組まれたリグまでは無理ですが）
ZBrushもFBXで読み込めば、レイヤーがサブツールにそのまま読み込まれますよ。
EX版オススメです。