altさん、ご回答ありがとうございます。
複製を使ってアーマチャーの情報を破棄したオブジェクトでも
頂点カラーをテクスチャへ変換できませんでした。
アーマチャーだけでなくメタボールもできないみたいです。
他のツールを併用して実現できないか色々試した結果
以下のような方法でアーマチャーの頂点カラーを
テクスチャに変換できるようになったので、一応ご紹介します。
（他にもっと良い方法があるかもしれませんが）
１．アーマチャーで作成したオブジェクトをobj形式で保存
２．保存したobjファイルをSculptrisというツールで開く
３．SYMMETRYボタンを押して、オブジェクトを左右対称にする
（左右対称にしなくても良いが、しないとテクスチャが若干崩れる）
４．PAINTボタンを押してマッピングを実行する
（Resolutionという目盛はできるだけ大きくする。あとTight mappingにチェックを入れる）
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５．EXPORTボタンを押してobjファイルを保存し直す
６．保存し直したobjファイルをメタセコイアで開く
７．頂点カラーを設定し直す
８．頂点カラーをテクスチャへ変換
こうすると、問題なくテクスチャに変換できるようになりました。
バージョンアップで修正があると良いですが、暫定的な方法として使っています。