プラグイン独自にウインドウを作成した場合、そのウインドウがWM_KEYDOWNまたはWM_KEYUPを受け取った場合には、メタセコ本体のウインドウにSendMessage()などでキーボードメッセージを通知する必要があります。

ドキュメント等には記載していませんが、独自ウインドウを作成するプラグインは上記にてご対応いただけると幸いです。