絶対パスでなく相対パスを指定するのはいかがでしょうか？

例えば、MQOファイル
「E:\Documents\modeldata\enemy1\enemy1.mqo」
に対して、PNGファイル
「E:\Documents\modeldata\enemy1\enemy1_texture1.png」
をテクスチャとして指定する場合、

「参照」ボタンを使ってファイル指定すると、絶対パス
「E:\Documents\modeldata\enemy1\enemy1_texture1.png」になりますが、
そうではなく
「enemy1_texture1.png」と相対パスを直接入力します。

モデルデータ毎のフォルダにMQOファイルとテクスチャファイルを入れておいて、
テクスチャファイルを相対パスで指定すれば、ファイルを別フォルダに移動しても
相対的な階層構造が維持されていればパスを再指定する必要が無くなりますので
管理しやすくなると思います。

ただLightWaveでは相対パスが使えないのでLWO <=> MQOで相互変換したときに
絶対パスになってしまうため、再配置するときにパスの再指定が必要になるのが不便といえば不便ですが。

ははぁ、直接入力は盲点でした。
mtlで相対参照記述でも参照ボタンを押すとメタセコの指定フォルダが開かれるので
フルパスじゃないとだめなんだろうと思ってました。
ファイル管理もおっしゃるとおりモデルデータとテクスチャを含めたフォルダ単位
の管理を行ってます。そうですねえ、これでいいかとも思えてきますね。
既存のインポーターやエクスポーターの混乱もありそうですし。
レスどうもです。

開発者さま＞積極的な要望でもありませんが、書き込みは残しておきます。