超亀レスなので、もう見ていないかもしれませんが、

>ベータ最新版でファイル読み込み直後
>上書き保存の部分がグレーになってしまいます。

読み込んだ直後は「何も変更していないので」上書き保存できません。
昔からの仕様で、βに限らずVer2.4以前でも同様となっています。

>操作パネルの平行移動と回転が反応しません。
>拡大縮小のみ動作します。

確認できません。
頂点や面を全然選択していないとかではないでしょうか？