大変お世話になっております。

通常押し出しを行った際に、高さが異なる点が発生する場合があります。
原因の特定は出来ていませんが、単純なモデルで発生させることが出来ましたので添付します。

手順は、モデル中の「押し出し前」オブジェクトを全選択後、押し出しを行うと発生する。

凸型でも凹型でも発生。
Ctrl+Aでもシフト＋オブジェクト選択でも発生
「選択部処理」->「面を押し出す」でも発生

以下発生を確認したバージョンです。
ただし、全ての組み合わせを試した訳ではありません。
metaseq2413.exe -> metaseq30_alpha10.zip　登録済み　発生
metaseq30_beta13.zip　登録済み　発生
mqle24a.exe MetasequoiaLE R2.4a　発生

見た目は、全てバージョン・操作で、同様に歪む様に見えます。

alpha10 -> alpha13　の際は念の為一度アンインストールを行いました。
「登録情報を消去」は行っておりません。