ファイルサイズが大きくなってしまうので、その分読み込みが遅くなって相殺され、
結局はデメリットだけになってしまうだけではないかと思うのですが…
今時のCPUなら数万ポリゴン程度でも法線計算なんて0.数秒に満たないくらいの一瞬で終わりますし。

オプションを付けてもユーザーにとってUIが複雑になるだけでメリットがない（というか
内容が理解されない）ので、それはプログラム側ですべきものだと思います。
スムージング処理は作るのは簡単だし、一回作ってしまうだけのことですので。

そもそも自前のプログラムで高速読み込みを行おうとするならmqoはやめたほうがいいと思います。
テキスト形式である以上、構文解釈に時間がかかって速度面で限界があるので、
より適した別のバイナリ形式のほうがいいかと。

法線を持ってほしいという要望は私もあります。
たとえば、表情パターンを作るのに顔を目と口と耳の部分と分割したりするのですが、現状法線が自動計算なので分割した部分でシェーディングがばっつり切れてしまいます。

もちろん、最終データーはMAX等に持っていってるのでそちらで境目の法線が会うように調整しています。
最終データーは別にそれでもいいのですが、やはり確認する際にもオブジェクトが分かれることによって法線の切れ目を無くしたいです。

現状の自動処理で、オブジェクトを分けてもオブジェクトの境目で法線の方向を合わせてシェーディングの切れ目が無くなるようにできるならばそれでもいいのですがそういう風な対応はできないでしょうか？

しいて言えば、他のソフトに法線データ持っていきたくもありますが。
例えば、テキスト形式のMQOファイルに限界があるのであればMAYAなんかは、保存形式にテキスト形式であるMA形式と、バイナリであるMB形式で保存できます。
それと同じようにバイナリ形式のMQOファイルも保存可能という風にするのは如何でしょうか。

まぁそれでもMA形式でも法線情報（ほかにもボーンやあらゆる情報が）が全て含まれていますが、テキスト形式でもそこまで読み込みが遅いとも思いませんのでそこまで問題にならない気もします。

私も携帯電話向けのゲーム用モデル作成でメタセコを使用させて頂いておりますが、dae(私的にはUnityで推奨されているFBX入出力の方が良いのですが^_^;)を介して法線調整したモデルを出したい人はかなり居らっしゃると思います。

ローポリキャラの場合、他の方も仰るように顔のブレンドシェイプなどでの別ポリの繋ぎ目を消すことと、全体スムージングの調整では難しい指定箇所のエッジ出しは、かなり重要です。

ただ、私のいう法線調整は頂点法線一本づつではなく、鋭角にしたい箇所(点、線)を選んで、ハードエッジ(スムージング0)かソフトエッジスムージング180)にするか、別ポリの繋ぎ目(点、線)を選んで法線を揃えてスムージング、の3点だけあれば充分です。
※これがあると、エッジを出すために頂点を分離する必要も無くなり、無駄な頂点計算を増やさずに済みますので助かります。