いつも便利に使わせて頂いてます。
もしかしたら既にある機能なのかもしれませんが、わからないので要望します。
オブジェクトをフォルダに例えると、
メタセコイアを二つ起動しておいて、片方で切り取り→もう片方でペーストを実行すると
複数のフォルダにあるデータが、一つのフォルダにまとめられてしまうと思います。
これを、複数のフォルダにそれぞれのデータが格納された状態を保持して、切り取り→ペースト出来る様にして頂けないでしょうか？

これが出来るとオブジェクトを整理する時とても便利だと思います。