現象が再現するデータを添付しました。
同じような構造をプリミティブで作成してものでは正常に機能しました。
バージョンは最新版の3.1.1とそれ以前のものでも発生します。

環境設定>選択操作>対称とみなす最大の距離を小さくすることで対称につくられるようになりました。
不具合というほどのものでもないので対応は必要なさそうです。