LE版の3.1.1はリリースされていませんので、シェアウェア版（の未登録？）の間違いですね。
それはさておき、特定の他社製品のことはわかりませんがどのソフトにも共通の一般論として、

・テクスチャ表示がOFFになっている
メニュー > 表示 > テクスチャ表示
がONになっているか、普通にメタセコイア上で材質にテクスチャを指定したときに表示されるか。

・対応していない画像形式を用いている
どの形式をお使いかわかりませんが、対応している形式かどうかを確認してください。

・テクスチャ情報が出力されていない
objファイルの場合、objファイルと同じフォルダ内にファイル名が同じで拡張子が「mtl」のファイルが必要になりますので、このファイルが存在するか確認してください。
また、mtlファイルはテキストファイルなのでメモ帳などで開いてテクスチャファイルらしきものが記述されているか確認してください。

・ファイルの置き場所が違う
「C:\hogehoge\test.jpg」のように絶対パスではなく、「test.jpg」のような形式で記述されている場合、読み込んだobjファイルと同じフォルダに画像ファイルを配置する必要があります。

だいたい上記のいずれかだと思いますので、まずはこれらをご確認いただけますか。