編集モードのカスタマイズで追加または複製を行うと
AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4\Layout
にxmlファイルを追加するようですが、
画面に戻って編集モードを変更しても、Program Files下だけを見ていてファイルが見つからないようで、エラーとなります。
32bit/64bitとも同様です。

Metasequoia Ver4.2.1 (32bit) is running.
Windows version : 6.1  (Windows 7)
Number of CPU : 8
Physical memory : 8159 MB
Direct3D11 Driver: AMD Radeon HD 6900 Series
    DeviceID: 26392
    SubsysID: 184553474
    Revision: 0
Failed to load a layout file C:\Program Files (x86)\tetraface\Metasequoia4\Data\Layout\aaaa.xml (code 3)
Failed to load a layout file C:\Program Files (x86)\tetraface\Metasequoia4\Data\Layout\aa.xml (code 3)