初めまして。こちらの記事を拝見しました。
http://blog.metaseq.net/2014/11/mikumikudance.html
MMDにおける材質のパラメータについてなのですが、極北P様が製作されたPMDEditorでは、PMD形式の色の設定項目は拡散色、反射色、環境色と表記されていますが、MMDの内部処理的には、拡散色、反射色、自己発光色とするのが正しいようです。
(MMEにおける色入力値: http://ch.nicovideo.jp/sovoro_mmd/blomaga/ar319862)

ですので、MetasequoiaからPMDへエクスポートする際は、周囲光の値の代わりに自己照明の値を利用してはいかがでしょうか。
PMDEditorとの表記の違いによって混乱が起きる可能性はありますが、こちらの方がテクスチャを適用した際の挙動もよりMMDに近くなるかと思います。