ボーン機能、v4.3.2でかなり使いやすくなって大変便利に使用させてもらってます。
以下、要望と不具合報告です。

■要望
・スケルトン、ポーズのファイル保存
・スキニングのペイント時に照光のON/OFF
（照光の影響で色がわかりづらいときがよくあるので）

■不具合
MMDに精通しているわけではないのでちょっと自信がないのですが、
MMDのスケルトンの肩から手首にかけてのボーン名がひとつずつずれてるような気がします。
現在upper bodyから繋がるダミーボーンがshoulderとなっていますが、現在armになっているボーンがshoulderではないでしょうか。
MMDスケルトンを使用してリギング＆スキニングを行いpmdで保存してMMDでサンプルモーションを再生してみると手が変になることを確認できるかと思います。

■環境
Windows 8.1 64bit
Metasequoia 4.3.2 EX 64bit
MikuMikuDance_v924x64