Ver4.5β1でPMDのテンプレート、エクスポーター側で先端ベースか、根本ベースか対応されてますが、先端ベースの場合ややこしすぎてまともに使う気になれません。
名前と部位が一致されていないのでとても混乱します。

先端ベース仕様のMMDで_Endとついてるエンドボーンが操作するボーンになっていたりおかしいことになっています。

基本的に、Endボーンとは終点を示すボーンでこのボーンにウェイトを入れたりアニメーションを入れないボーンです。
現状のメタセコは１つのノードで根本と先端（End）ボーンを扱っているので他と比べると独自な構造になっています。

将来的にFBXや他のボーン対応形式をサポートすることも考えて、ボーンの構造は他の環境と合わせて欲しいです。

ボーンを一つ作成したら、根本のボーンはbone1、先端の部分をbone2と自動的に作成し、先端の部分は削除できないようにします。
bone1-bone2(endボーン先端ボーン)

接続されるボーンを作成した場合、bone1、bone2と作成されていき同じように最後にエンドボーンをbone3として自動作成します。

bone1-bone2-bone3（endボーン)

この仕様はmayaと同じです。
これに対応すればわざわざインポーター、エクスポーターが側で先端基準にするか根元基準にするか対応する必要はありません。