Ver.4.5（64bit)
CPU AMD615e
mem　16GB
グラフィックス　RadionHD6570

1.オブジェクトパネルの変更禁止鍵をクリックして変更。
2.ファイル(F)上書き保存。
3.Xをクリックしてメタセコを閉じようとすると、ドキュメントは変更されています保存しますか　が出ます。

変更フラグの更新漏れではないでしょうか。
（他に同様パターンがあるかは、チェックしてません）