追記させていただきます。

これはモーフ設定の有無に関わらず起こる様です。
また、前述した物以外にも、
ボーンの表記名の違い、ズレ等も起きてしまいます。

ＰＭＸエディタ上で読み込んだ時の画像を添付いたしますのでご確認ください。
左が以前の時で右がver.4.5の時です
どちらも、同じmqoデータをメタセコイアでPMD出力しています。

お手数をお掛けしますが、確認の程よろしくお願い致します。

4.5でボーンの構造が若干変更になった影響で、4.4以前の旧バージョンで作成したボーンデータをそのまま扱うことができません。
対策を検討しておりますが、現時点では旧バージョンで作成したデータについては4.5ではなく前のバージョンでご利用ください。

4.5.1において、4.4以前でMMDテンプレートを利用して作成したデータについて、
現在のMMDテンプレートと一致するようボーン名が先端名となるよう自動変換されるようになりました。

より正確には"center end"の名前のボーンが存在していることが判定の基準になります。
ご自身でボーン名を変えてしまった場合には変換されず、また4.5.0以降で再保存したデータについてはもう変換されませんのでご注意ください。