ver3以前のプラグインは32bit環境でしか使えないので、ver4の64bit版では動かせません。
ver4の32bit版を使えばver3以前のプラグインを使えるはずです。

Keynoteプラグインではなく、Ver4実装のボーン機能で使えるようにしたいのですが無理なんでしょうか。

ver4の機能でKeynoteの設定をインポートする機能は無かったはずです。

keynoteの付属プラグインのexportpmdでpmd出力してver4でインポートという方法がありました。
ボーンのインポートがfbxも対応しているのであればkeynoteと連動するfbxエクスポートプラグインがあったはずなのでfbxで出力してインポートという手もありますね。

結局32bitなりVer3経由でないと、Ver4 Standard(64bit)では無理ということですね。
諒解しました。ありがとうございます。