画像の方も添付させていただきます。

瑣末なことなんですがMMDテンプレートのボーンで中指のボーンだけ配置が微妙に乱れていますね。

>ボーンテンプレのうち、MMDのボーンテンプレの指が手首ではなく肘の子になっているため、手首ボーンを動かした時指がついてこないためおかしな変形になってしまいます。

MMD向けのテンプレートを使う場合、ボーンリストは必ず「ノード」表示モードにしてご利用下さい。
このモードで分岐がある個所で回転すると、分岐するすべてのボーンを連動して操作するようになっており、
これによりMMD上とほぼ同様に扱うことができるようになります。
一方「ボーン」モードでは選択したボーンのみを回転するようになっております。