Windows8.1、ver4.5.4(64bit)です。

モデル：左右分離鏡面で向かって右側を作成し、ミラーのフリーズをしたもの。
ボーン：標準テンプレート（Humanoid）

左右別々にウェイト付けを行い、保存を実行したところ、向かって左側のウェイトの大部分がクリアされた（真っ黒になった）。
その状態でUndoを実行するとウェイトは保存前の状態に戻るが、そのまま保存するとまたクリアされた（何度実行しても同じ）。
その後、ウェイトの複製で向かって右側のウェイトを左側にコピーしたところ、保存を実行してもクリアされなくなった。

ただし、同様のオペレーションを過去に何度も行っていますが、上記事象が発生したのは今回が初めてです。

※ モデルへボーンを適用した後で、モデルの修正（左側を削除し、編集後ミラーのフリーズ、スキン設定ダイアログを立ち上げてOKを押す）を何度か実施した後で発生しました。
※ 編集オプションの「対称」はONになっていたと思います

以上、ご確認のほどよろしくお願いします。