こちらはどちらのソフトウェアで出力したものでしょうか？
MetasequoiaではWavefront社提供の仕様書に従った通りにobjファイルを読み込みます。
そのため、ファイルの内容がおかしな構造になっていればそのままおかしい状態で読み込まれ、これはobjに対応した他のソフトでも同様です。
（例えばMeshLabではファイルの中身が壊れている旨のエラーが表示されます）

なぜこのようなおかしな構造のファイルが出力されるのかは当方ではわかりませんので、出力元ソフトの開発・販売元へお問い合わせください。