・オブジェクトパネルの他に、「非表示オブジェクトを削除」する機能が欲しい
統合する機能はありますが、削除に関しては複数選択してオブジェクトを削除ボタンを押すことでしか整理できないので、必要なものだけ表示して要望のように「非表示オブジェクトを削除」する機能がほしいです。

・ファイルメニューに、「可視オブジェクトのみ保存」を追加する機能を追加してほしい
FBXのオプション等には、「可視オブジェクトのみ」がありますがMQOをエクスポートする際はそれができないのでファイルメニューに「可視オブジェクトのみ保存」する機能が欲しいです。
MQOのオプションとして実装してしまうと、毎回別名保存時にオプションが出てきて面倒なので、ファイルメニューにある方が良いかと思います。
他のツールでいう、「選択オブジェクトのみ書き出し」です。