ウェイトはボーンのでしょうか？
mqxファイルがないと添付データの確認はできませんが、スキン設定内の「自動でウェイトを正規化」がONになっていないでしょうか？
正規化がONだと、ウェイトの値を引いてもまた100%に戻ってしまうので、減算は実質的に動作しませんので、OFFにして編集する必要があります。

できました！ウェイトが消えて黒くなりました。