>メタセコファイルが使えるアニメーションツールはどれがありますか？OBJとかにしてからするものなのでしょうか？

どのツールを使いたいか、から考えるべきではないでしょうか。
ボーンやモーフが必要ならFBXやPMD、形状・材質のみで十分ならOBJやLWOなど、サポートしている出力可能な形式は多くありますので、ほとんどのツールへ何らかのファイル形式でデータを持っていくことが可能です。

>あと、MMDなんかの足のIKなんですが、邪魔というかIKを使わないツールや方法ってありませんか？

ツールや方法というのが幅が広すぎてどういったものがお望みなのかよくわかりませんが、
MMD向けのボーンテンプレートには標準でIKが含まれますが、必要なければIKを外すことができます。
IKを使わずとも移動や回転でもボーンの制御は可能です。

ありがとうございます。