弊社では問題は確認できませんし、ウェイトにおいても把握しておりませんが、どういった条件でのことでしょうか？
もし確実に確認が可能な状態のmqoファイルがあれば、お手数ですが弊社サポートまでお送りください。

考えられる原因としては、非対称な頂点を含む状態で、一つの頂点のみか複数頂点を選択するとそれぞれ異なる頂点ペアとなる場合があるので、もしかしたらそういったことではないかとも思いますが・・・？