原因は単純ではないためはっきりした説明は難しいのですが、オブジェクトに穴があいていたり、同じ位置に頂点や面が重なっていると、面を正しく分割できず失敗してしまうケースが多いです。
事前に穴埋めをし、またオブジェクトの位置を少しだけずらすなどして条件を変更すれば、重なりを防ぐことができてうまく処理できるようになることがあります。