表題の通り、ボーンコマンドに入った状態で材質の順番を入れ替えるとビューの表示がおかしくなります。
ボーンコマンドを抜けると正しくなるので、恐らくボーンコマンド時に入れ替えると入れ替えた情報が正しく反映されていないのではないかと思います。

ご確認と修正お願い致します。

Metasequoia 4 Ver4.5.8 (32bit) is running.
Windows version : 10.0  Build:14393  (x86)
Number of CPU : 8
Physical memory : 16351 MB
Direct3D11 Driver: NVIDIA GeForce GTX 970
    DeviceID: 5058
    SubsysID: 913904728
    Revision: 161
    FeatureLevel: 11.0