材質名を格納できるようになったのはpmxになってからではないでしょうか。
PMDには材質の名前を格納することができませんので、Metasequoia上で設定した名前も失われてしまいます。

PMDエディタ0.1.3.9場合のみテキストファイルを介して引き継ぐことができます。pmd形式と同じ場所に材質名を改行して並べたテキスト形式があれば材質名を読み込んでくれます。（PMXエディタ系では廃止されています）
材質が多い場合は、重宝します。PMDファイル出力時に一緒に出力されればいいかもしれません。文字数制限あり

作成モデル.pmd
作成モデル.txt
材質名1
zaisitu2
ザイシツ3
体