ボーンのウェイトのエクスポートでは位置情報も含めて出力されるので、インポート前に頂点を多少動かしていても近い位置にあるウェイトが割り当てられるようになっています。
このため、逆にまったく動かしていなくても値が多少変化してしまうことはあるのですが、見た目に大きく変化が現れるほどのものは確認しておりません。
三角形というのはたまたまであまり関係がないのではと思うのですが、こちらで確認ができない以上は詳細がわからないので、解析のために当該のデータをいただくことはできないでしょうか？
もし可能でしたらお手数ですが弊社サポートまでメールでお送りいただけると幸いです。