最近ボーンを扱うことが増えたので、mqoとmqxファイルを吐くことが増えているのですが法線編集データもmqxに含まれるとなった場合毎回２つのファイルが保存されるのは管理的にもややこしくなります。
なので、mqoとmqxを1ファイルにまとめたバイナリファイルのmqbファイルみたいのを用意してもらえないでしょうか。

複数ファイル形式のメンテナスは大変なので、イメージとしてはmqoとmqxを無圧縮zip圧縮したみいたいに単純に1ファイルに統合したバイナリデータのイメージです。
というか、zip圧縮でもいいのでmqz形式とかでもいいかもしれません。
無圧縮なら保存速度もそんなにかからないと思います。
もし、圧縮率をあげたければオプションで圧縮率の指定をできるようにすればいいかなと思います。

・開発側として更新はmqoとmqxのメンテナスで済む
・それを統合したバイナリファイル

この2要件を満たした1ファイル管理で済む新フォーマットを作ってもらえないでしょうか。