>HumanoidのノードにRightShoulder_Dummyが無いのは何故ですか？
>またNeckの親ノードもおかしくないですか？

ツリービューには表示されていませんが、設定を見るときちんと親子関係がありました。
ノードのツリービューは正しいのでしょうか？

ボーンリストが「ノード」モードの場合、分岐の箇所で複数に分かれるボーンのうちリスト上で先頭のものがノード名として表示されます。

ボーンリストを「ボーン」モードに切り替えるとわかりやすいですが、Humanoidテンプレートの場合、Chestボーンの下にLeftSholder_Dummy,RightShoulder_Dummy,Check1の３つの子ボーンがあって、Leftのものがノード名となっているだけです。

FBXに出力する際にはこのノード表示のまま各ノードが出力されますが、ダミーのボーンはHumanoidに定義されていないのでアニメーションには影響せず、単なる親子をつなぐ中間のノードとして扱われます。

Humanoidには関係してこないですが、正確なツリービューは無意味ですか？
それと、Chest1は書き出されず、Mecanimでは空白です。