環境設定の「選択操作」内に「対称とみなす最大の距離」があり、対称平面を挟んだ反対側の位置に対してこの値以内にある頂点をペアとみなします。

頂点がすべて対となっていれば問題ないのですが、非対称な頂点が混ざっているとこの値の範囲で対称とみなされてしまうので、この場合は値を小さくする必要があります。