「スキン設定」内の「自動でウェイトの正規化」を必要に応じてOn/Offを切り替えてください。
この正規化は、ウェイトの編集直後に各ボーンのウェイトの合計値を100%となるよう調整します。

例えば1つのボーンにしか割り当てられていない頂点のウェイトを50%に変えても、自動正規化がOnだとその後100%に戻されるので、なかなか思った通りの結果になりません。大幅にウェイトの付け替えをする場合は正規化をOffにしたほうがいいかもしれません。
一方、全体としてだいたいあっていて微調整を行う場合は、正規化Onのほうが修正しやすいことが多いです。

お答えありがとうございます。自動でウェイトの正規化のON・OFFためしてみました。ウェイト100%の頂点も減らせることを確認しました。
しかし、ペイントがほとんど効かないのは改善されませんでした。加算・減算・混色、サイズや強さ等いろいろ変えてみたのですが。一度、ウェイトをリセットしてもほとんど働かないようです。一度データを保存して読み直した場合等に急に入ったりすることもあるのですが…
ペイントがうまく使えればもっとうまくウェイト入れができると思うのですが…

ペイントが効かなくなるというのはこちらでは確認できておりませんが、例えば
・Ctrl+クリックなどでボーンを切り替えているうちにうっかり選択を外してしまった
・ウェイト、強さ、サイズを0（スライダーが左端）にしていた
・スキン設定内のボーン影響制限をONにしていた
・オブジェクトリストでスキン以外のオブジェクトを選択していた
などといったことはないでしょうか？

お答えありがとうございます。
・Ctrl+クリックなどでボーンを切り替えているうちにうっかり選択を外してしまった　→ボーンはノードリストを見ながら選択しているので間違いはないと思いますが。ボーンもハイライトされています。
・ウェイト、強さ、サイズを0（スライダーが左端）にしていた
→これもブラシ設定のパターンで確認しているので間違いないと思います。
・スキン設定内のボーン影響制限をONにしていた
→いれていません。
・オブジェクトリストでスキン以外のオブジェクトを選択していた 
→ウェイト表示（カラーマップまたはボーン色）に変わるので間違いないと思います。
反応がない場合に一度メタセコイアを落として再度モデルを読み込むと、またできたりするので、これがリセット的に働いているのかなと思いますが。