UV操作で、まずUVに対してその状態の画像記憶をボタンを押して行います。

次に、グループ間のサイズ調整をしてUVのサイズを調整します。

その後、UV自動展開でUVのサイズ調整されたものを「マッピング画像の再配置」にチェックを入れて「再配置のみ」で詰めなおしたところ最初に多くした状態ではなく、詰めなおす前の状態の画像がベイクされます。

つまり、グループ間のサイズ調整をしたときにUVがズレるのでそれがベイクされた状態になります。

画像記憶が正しく動作していないように思います。
これは、再配置時に「マッピング画像の再配置」を実行せずに一度閉じてUV操作にある「再配置」ボタンを押しても同様です。

検証と修正よろしくお願いいたします。