編集モードを切り替えた際には各表示はそのモードのデフォルトの状態に戻るため、コマンドパネルも再表示されるようになっています。
ただ、メニューのチェックは戻らないのは単なる不具合なので、次のリリースで修正いたします。

また、毎回再表示されるのが面倒な場合、編集モードをカスタマイズすることで対応可能です。
編集モードのカスタマイズ画面内で、まず既存の編集モードを複製してから、左下にある項目から「PanelCommandBase」を選択して追加し、表示を「しない」にしてください。

素早い回答ありがとうございます。
カスタマイズやってみます。