両方のボーンが完全にX=0上になく微妙にX=0平面を挟んだ位置にあるのではないでしょうか？
この状態で、環境設定内の「対称とみなす最大距離」の値の距離内に対称となる位置関係のボーンがあると、ボーンは対称関係にあると見なされ、ペイントなど各操作で対称の処理がおこなわれます。

ボーンをそれぞれX=0の位置に移動したり、設定の値を小さくすることで対処できるのではと思います。