現在のスナップは移動の基準となる位置（頂点やハンドル原点など）を対象物へ吸着させるだけとなります。
面と面を交差しないように合わせる機能は用意しておりません。

水平に限定される方法ですがスナップしたい平面にガイド用のポリゴンを張ってその頂点に載せたいオブジェクトをスナップするという方法はどうですか。
事例2のように段差やアーチで傾斜する場合は現状の機能だと難しいと思います。単純なものであればパス複製の応用でできるかもしれません。

Mqouserさんの仰る方法も良いですね。

他にも方法として、吸着目標の面を複数回ナイフで切ってガイド頂点・辺を生み出し、吸着完了後は『連続消去』やエッジツールの『消去』などで、ガイド頂点と辺を消去する。
もしくは、目標とする吸着面のいずれかの頂点に、吸着させたいオブジェクト全体を一旦吸着させた後に、移動ツールで面上を移動させるなど、色々な方法を活用しています

ただ、どうしても「面同士で吸着させる」に比べて、作業として一手間、二手間かかってしまうのが難点ですね。

それと、ご指摘のようにアーチ状の面や傾斜面（坂道や屋根など）の場合や、構造物同士が込み入ってしまう場合は、そうした作業も難しいこともままあります。

今回新たに添付させた頂いた画像ファイルの事例のような、直感的に任意の場所に位置合わせをさせたい小物や家具等が多くなると、そうした作業だけで多くの時間をさくことになります。

メタセコイアは、バージョン４になってスナップ機能と正確な数値入力と単位表示、64bitOSに対応等が可能になったおかげで、単独のモデルだけでなく、複合化された構造物・インテリア設計等の、「シーン」の創作も容易になってきただけに、「面と面との吸着」に限らず、各々個別のモデルを効率よく組み合わせ・配置できる機能は、これからも伸ばして頂きたいと願っております。

「Little★Meteor開発局日誌」というブログで
公開されているプラグインを使用されてはいかがでしょうか。

ブログの右側に「カテゴリ」という所があり、そこの
「Metasequoiaプラグイン(11)」をクリックし、
表示されたページの８番目に

【メタセコプラグイン】２つのオブジェクトを選択面で接合

と言うのがあります。それを試してみてはいかがでしょうか？。

たいがい思わぬ結果になりますが、
「変換後ローカル座標を設定する」にチェックを入れておき、
ローカル座標にて移動回転させて修正すれば何とかなります。

なお、プラグイン機能を使用するため、ライセンス購入後
である必要があます。
さらにこのプラグインは32ｂｉｔ版でしか使用できません。

お節介だったらごめんなさいです。

アドレスはここです。（半角スペースは削除してください。）
h ttp://efk.seesaa.net/

以前のバージョンは[現物]の状態にかかわらずコマンドによって他オブジェクトの頂点などへの
当たり判定が効いたり効かなかったりと統一性がなく混乱を招いていたため、
現在は（基本的には）どのコマンドでも[現物]の状態に応じて他オブジェクトへの
当たり判定が行われるかどうか決定されるよう仕様変更されました。
この仕様を変更するための設定は用意しておりません。

参考URL
こちらの方のようなことをやりたいと思っています。
http://nanigasi365.blog71.fc2.com/blog-entry-390.html

以前というものについてはわかりませんが（弊社が関与していないプラグインでしょうか？）、
ロボットのようなものはどちらかというと[ボーン]ではなく[ローカル]コマンドで操作することを想定しており、
現時点では[ボーン]内で１つのオブジェクトをまるまる１ボーンに割り当てる機能は用意しておりません。

お返事がおそくなりました

ロボットのようなものを動かしてアニメーションをつくりたいと考えていましたので、質問の件はkeynoteというプラグインを使うことで解決しました。
このような使い方は少数派なのかもしれませんが、もし可能であれば今後対応していただければありがたいです。

お忙しいところ、ご返答ありがとうございました。

単純にボーンコマンドで、対象のオブジェクトにボーンを配置しそのオブジェクトの頂点をすべて選んで配置したボーンにウェイト値を１００％で割り当てればいいだけかと思います。

4.4.2からFBX出力時に［スムージンググループの出力］の設定が追加されました。
こちらの設定を切り替えて動作を試してみてください。
それ以前は出力していなかったため、受け側のソフトで自動で設定されていたのではないかと思いますが、
この情報があると逆にうまくいかない場合もあるのかもしれません。

残念ながらスムージングを切り替えても上手くいきませんでした……
旧バージョンで出力してみます。

置き換えタブにして既に登録されている色の隣をクリックすると追加できます。
それ以外の場所をクリックすると反応ないですね。

あとパレットの幅一杯に色を追加した場合は下段をクリックしても反応しないので、
その場合はカラーパレットの幅を広げて隣に空きを作るか、狭めてパレットの列を増やしてから追加してください。