ウェイトを鏡面複製する場合、スキンオブジェクトの頂点とボーンの両方が対称かまたは完全に中心(X=0など)になっている必要があります。
少しでもずれていると対称とみなされず、ウェイトが対称側へコピーされなかったり真っ黒（ウェイトが全部0）になるので
まずはシンプルなオブジェクトでお試しください。

>少しでもずれていると対称とみなされず、
ご返答有難う御座います。
確かにモデル的に中心からずれていたりした場合はおかしくなるのは確認しています。
その時も、頂点座標が0.000001などの細かいズレがいつの間にか生まれていたせいでした。
と、今調べてみたところ、いつの間にかボーンが若干ずれているようです……
これが原因かもしれません。
調整して後ほど再度ご連絡いたします。

ボーン、モデル共に中心を０に修正しましたが、数値入力では完全な０にはならないのですね。
ボーン全体を選択し、中心のボーンを０にスナップできれば楽なのですが。。。
複製も今のところ大丈夫そうです。
もしかしたら作成時のサイズを今より大きくしたほうが、誤差を消しやすいのかもしれないですね。

数値入力でも完全に0になるはずですが、ボーンについてはそれ用に[X=0]モードもありますので、
こちらで完全に対称中心に移動させることができます。

モデルのサイズはどの程度でしょうか？
対称かどうかの判定に環境設定の[対称とみなす最大の距離]の値が大きく影響しますので、
この値とモデルサイズの組み合わせによっては判定が厳しくなるケースがあると思います。

>数値入力でも完全に0になるはずですが、ボーンについてはそれ用に[X=0]モードもありますので、
>こちらで完全に対称中心に移動させることができます。
ボーンはそちらで対応しました。

>モデルのサイズはどの程度でしょうか？
>対称かどうかの判定に環境設定の[対称とみなす最大の距離]の値が大きく影響しますので、
>この値とモデルサイズの組み合わせによっては判定が厳しくなるケースがあると思います。
モデルサイズは、標準テンプレートのHumanoidより少し小さい（背の低いキャラなので）位のサイズです。
「対称とみなす最大の距離」が大きいと別の頂点を認識してしまいそうですね。
この数値もちょっといじってみます。

情報有難う御座います！

スキニングを進めていたのですが、やはり左右対照の編集でおかしな動作が起きます。
内容としては、「同じ頂点に対して違う値が反映される」です。
添付した画像ですが、対照編集をオンにした状態でBにウェイトをペイントした状態です。
対照位置のAが違う値になってしまっています。
この場合は、「対照のほうが少ない」ですが、元のモデルでは大きな数値が入っていました。
この現象が最初出たモデルはボーン数ポリゴン数もそれなりに多かったので
最小の状態で試してみたところこの様な結果となりました。
上記のメタセコファイルを一緒に添付しましたが、内容としては
　基本図形で各面が二分割されたボックスを作成
　ボーンを親子状態で二本作成（ｘは０に）
　ペイントでウェイト入れ
以上の工程で作成されたファイルです。

さすがにこの状態で出てしまうのではこれ以上作業を進めることもできません。
早期対応をよろしくお願いします。

>スキニングを進めていたのですが、やはり左右対照の編集でおかしな動作が起きます。
>内容としては、「同じ頂点に対して違う値が反映される」です。

4.5.1で正しく対称側に反映されるように修正しました。

>>スキニングを進めていたのですが、やはり左右対照の編集でおかしな動作が起きます。
>>内容としては、「同じ頂点に対して違う値が反映される」です。
>
>4.5.1で正しく対称側に反映されるように修正しました。
今すぐには確認できないので後ほどアップデートさせて頂きます。
対応有難う御座いました！

>何かを変更して終了する際、ちゃんと保存しているにも関わらず「保存しますか？」のダイアログが表示されます。

4.5.1で無駄に表示されないよう修正しました。

追記させていただきます。

これはモーフ設定の有無に関わらず起こる様です。
また、前述した物以外にも、
ボーンの表記名の違い、ズレ等も起きてしまいます。

ＰＭＸエディタ上で読み込んだ時の画像を添付いたしますのでご確認ください。
左が以前の時で右がver.4.5の時です
どちらも、同じmqoデータをメタセコイアでPMD出力しています。

お手数をお掛けしますが、確認の程よろしくお願い致します。

4.5でボーンの構造が若干変更になった影響で、4.4以前の旧バージョンで作成したボーンデータをそのまま扱うことができません。
対策を検討しておりますが、現時点では旧バージョンで作成したデータについては4.5ではなく前のバージョンでご利用ください。