msiインストーラ版を使うのではなく。zip版を展開したものをUSBメモリなどに入れてMetaseq.exeを直接実行するようにすれば持ち運んで利用できるかと思います。
設定ファイルもそのフォルダ内に格納されるため、どのPCでも同じように利用することができます。

ただ、ライセンスの認証については持ち運びはできずPCごとに行う必要があり、使用台数に応じたライセンス数が必要になります。
（本人専用PCなら1ライセンスで2台まで、共有PCなら1台のみ）
ただ、ライセンス認証していないPCでもMetasequoia自体は利用可能で、ボーンなどのプラグイン機能やmqo以外のファイル出力ができないなどの制約は出てきますが、基本的なモデリング機能を利用する分にはさほど支障もないと思います。

This is not a bug.

The recent Blender imports with the axes conversion in .obj, .fbx and so on. Now, the axes are not necessary to be converted at the time of exporting.

So, the axes are same as the default in the Metasequoia 4. This reserves the same appearance in both Metasequoia and Blender.

>回転を実行するたびに中心がずれるようなので、

こちらは不具合ではなく仕様です。

中心位置はXYZ各方向の最小・最大値の中間地点でとられるため、
多角形のようなものを回転すると最小・最大値がそれぞれ異なる値に変わり、
その中間地点も元の位置からは変化します。
このため、回転後には回転中心は移動するということになります。

>メタセコ４の64bit版と32bit版の間でコピペしようとすると「バージョン違いで互換性がないため・・・」とエラーになります。
>これは正しい動作ですか？

32bitと64bitでは内部で取り扱うデータが異なるため、クリップボードを経由して相互に扱うことができません。
これはクリップボードの仕様ではなくMetasequoia側の処理がそうなっているだけですので、可能にしてほしいという要望に変更しておきます。

>マッピングに切り替えた時コマンドが常に編集の選択になるのを
>前回と同じ状態のままにしておいて欲しいです　例）UV操作の移動　のまま
>MetasequoiaV3.16と同じ仕様に戻してもらいたい

4.3.3で編集モードを切り替えた時に同じコマンドがあればそのまま継続し、なければ以前選択されていたものを優先して選ぶようになりました。

「何も変更されません。」はウソですね。
設定上は何も変更されませんが、画面上ではボーンが接続されたようになります。

> 各ボーンの位置はそのままで親子関係が作られるものだと思っていたのですが

その逆で、名称のとおり親子関係をなくすものです。
例えば
bone1 - bone2 - bone3 - bone4 - bone5
と親子関係がつながっている箇所でbone3の親子ボーンを切り離すと、見た目はまったく変わりませんが、
bone1 - bone2
bone3
bone4 - bone5
の３つに接続関係が分断されます。

[移動]で親子関係が切り離されたボーンの端点をドラッグしながら右クリックすると、再度つなげることができます。