実装されるまでの間に合わせとしてこのスクリプトで代用できると思います。
http://blog.metaseq.net/2014/02/n.html

追加です。
範囲選択だけでなくベルト選択などでも選択解除できませんでした。

>選択の接続面で選択した範囲をctrl押しで範囲選択と投縄選択を使って選択解除すると面の選択を解除することができません。

範囲・投げ縄は辺と面を同時に選択・選択解除しないためではないでしょうか。
辺と面が両方Onの場合は面の処理が優先されますので、編集オプションで面をOffにする必要があります。
（接続面が辺も面も全部選択してしまうのがかえってわかりづらい原因という気がしなくもありません・・・）

>ボーン機能、v4.3.2　において　ボーン入れ後にPMDにて書き出すと　スムージング設定した数値ではでていないみたいです。
>角度２０で　Xファイルと比較すると違いが歴然でした。
>　
>Metasequoia 4 (64bit)使用

4.3.3で同じスムージングが適用されるようになりました。
ただしPMDの仕様の都合上、同一頂点でスムージングが異なる面を持てず、別々の頂点として分離されるため、
頂点数が増えること、また頂点数の上限数(65535)にかかりやすくなる点には注意が必要になる場合があります。

面と辺が同じ奥行き位置にある場合にそのまま辺を表示しようと、
面と辺が重なり合うため辺の表示がとぎれとぎれになって非常に見づらくなるので、
面よりも辺のほうを少し手前に描画する処理を行っています。
このため、面よりわずかに奥にある辺も表示されることがあります。

Direct3D/OpenGLで表示が異なるのはこの度合いが若干異なるためですが、
どちらが表示が正確というわけではなく、辺が見づらくなるか重なりが不正確になるかでしかありません。
そのため、辺の表示を微妙な奥行きの違いの判定には使わないほうがいいということになります。

回答ありがとうございます。
透視だと綺麗に表示されるので気になってました。
自分の環境だと同じdirect９　平行表示で
同じモデルがV3.1だと綺麗に表示されますが
ｖ4.3と辺が透けた表示になります。ｖ3.1に近い処理になるとありがたいです。

視点のクリップの自動設定を切ってクリップ範囲を調整したら辺の透けが直りました。

再起動したら自動設定がONになるのですね。
自動設定の設定が合わないみたいです。
自動設定を設定保存できるようにできないでしょうか？

>4.3.3で保存すると、オブジェクトの階層構造が保存されません。
>（mqoのdepthが全て0になる）
>また、過去の階層構造付きであったmqoを読み込んでも、メタセコイア上に反映されません。

取り急ぎ4.3.4で修正しました。

>格子変形のハンドルを真正面などから操作する際に中心部分のつまみが他の矢印に殆ど隠れてしまいかなり苦戦を強いられます。

手前の軸を消す処理が抜けていました。
4.3.4で修正しました。