いくつか原因が考えられますが、まず書き出しがされていないとはどのように確認されたのでしょうか？
何らかのビューアで確認した場合、そのビューアが対応している画像形式を使用している必要があります。

また、Xファイルはテキストで出力されるのでまずは適当なエディタで開いてテクスチャのファイル名が記載されていることを確認してください。
記載されている場合、テクスチャファイルを置いているフォルダの位置が適切でないか、またはUVが出力されていないケースが考えられます。
後者の場合はXファイル出力時にUV出力のオプションをONにしてください。

だいたいのケースでは上記のいずれかですので、この辺りを確認していただけますか。

当方でmetasequoiaに3dsでインポートしてxfileでエクスポートしたものでは正常にテクスチャが貼られていました。
おそらくですがテクスチャが絶対パスで設定されていたのでは。
確認ですがmetasequoiaに3dsをインポートした段階ではテクスチャは貼られていたのでしょうか?

http://thefree3dmodels.com/stuff/plants/palm_tree/16-1-0-309

のpalmオブジェクトをxfileにエクスポートしたいのですがうまくいきません
xfileの中身はjpgとなっていましたが、これは後から書き換えるつもりで
3dsの元ファイルからjpgの抜き出しを行いたいのです。

Xファイル出力時にUV出力のオプションはONにしています
ディレクトリ構成はチェックしました。

ファイルそのものがexport時にどこのフォルダに展開されるのかがよくわからないのです。（xファイルと同じディレクトリだと思うのですが・・・）
よろしくお願いします

ファイルをダウンロードしましたが、単純にテクスチャが欠落しているのでは。3dsファイルしか入っていませんでした。
エクスポートしたXファイルと同じデイレクトリにBARK.JPGと_LEAF.JPGとしたテクスチャをおいてdirectXのメッシュビューワーで開いてみるとテクスチャが貼られていたので出力段階に問題はなさそうです。

>3dsの元ファイルからjpgの抜き出しを行いたいのです。
3dsフォーマットはテクスチャも一体として保存しているのでしょうか?

細かい操作手順がはっきりしませんが、
1.移動コマンドで頂点Aを適当に画面上で動かす
2.[絶対]での頂点Aの座標をメモしておく
3.頂点Bを選択してメモした座標を入力し[OK]
4.近接する頂点をくっつける
のような手順でよろしいでしょうか？

とりあえずこれで合っているという前提で話を進めますが、
まず[絶対]で表示される座標の数値は小数点３桁以下が四捨五入されたものということを念頭に入れておく必要が有ります。
つまり手順1で適当に移動した後に例えば[123.45]と表示されていた場合、123.445以上123.455未満のどこかにあります。
しかし手順3で入力した座標は123.450000となり、ここで２頂点間には最大±0.005の誤差が生じる可能性があります。
くっつける距離を0.00にしたら、誤差がその距離より大きくなるため頂点はくっつきません。
そのため、くっつける頂点は誤差を考慮して0.01程度にする必要があるということになります。

次期バージョンでは小数点の表示桁数の自由度が高くなりますが、表示桁数以下の誤差がなくなるわけではないので、非常に細かい数値を扱う上で誤差に気をつける必要がある点には変わりはありません。

ミラーリングを使用しているときに限定した現象のようですね。
設定ボタンを押してパネルを開いてみるとスムージングの設定自体は更新されているので描画が更新されていないみたいです。

Ver3.1.3で正しく描画更新されるよう修正しました。
ご報告ありがとうございました。

DirectXではなくDirect3D表示でした。
次回以降のバージョンアップでの対応を希望します。

特定のソフトウェアのことはわかりませんが、ソフト間でデータをやり取りする際は、どのフォーマットでどういう情報が入出力されるかを確認する必要があります。
ヘルプを見ればおわかりになられると思いますが、DXFでは形状以外の情報はまったく出力されません。
そのため、Metasequoiaでは材質・テクスチャ・UVを保持して出力する場合は、たとえばOBJやLWOなど他のフォーマットを推奨します。

DXFについて詳しく言うと、UVは出力されないというよりファイルフォーマットの仕様に定義されてため情報を保持することができません。
なのでUVが必須な他ソフトで読み込めばエラーになるのも当然のことだと思います。
ならなぜ読み込み機能があるのかまではわかりませんが、最近のAutoCAD（ここ数年くらいの間？）では平面・球マッピングを含めた材質くらいは保持してDXF出力できるみたいなので、そのあたりはサポートしているのかもしれません。

一部タイポミスです、すいません。

> DXFについて詳しく言うと、UVは出力されないというよりファイルフォーマットの仕様に定義されてため情報を保持することができません。
の部分は「ファイルフォーマットの仕様に定義されていないため」です。