修正版3.1.2を公開しました。
エラーが発生すると作業中のデータが破損する可能性もあるので、早急にアップデートしてお使いいただくようお願いします。

LE版の3.1.1はリリースされていませんので、シェアウェア版（の未登録？）の間違いですね。
それはさておき、特定の他社製品のことはわかりませんがどのソフトにも共通の一般論として、

・テクスチャ表示がOFFになっている
メニュー > 表示 > テクスチャ表示
がONになっているか、普通にメタセコイア上で材質にテクスチャを指定したときに表示されるか。

・対応していない画像形式を用いている
どの形式をお使いかわかりませんが、対応している形式かどうかを確認してください。

・テクスチャ情報が出力されていない
objファイルの場合、objファイルと同じフォルダ内にファイル名が同じで拡張子が「mtl」のファイルが必要になりますので、このファイルが存在するか確認してください。
また、mtlファイルはテキストファイルなのでメモ帳などで開いてテクスチャファイルらしきものが記述されているか確認してください。

・ファイルの置き場所が違う
「C:\hogehoge\test.jpg」のように絶対パスではなく、「test.jpg」のような形式で記述されている場合、読み込んだobjファイルと同じフォルダに画像ファイルを配置する必要があります。

だいたい上記のいずれかだと思いますので、まずはこれらをご確認いただけますか。

>ortho表示だと原点から30000くらい移動させると表示自体されなくなりますね。
>付随する現象で移動コマンドの絶対座標での頂点の座標も10000以上の値は10000に揃えて表示されてしまいますね。

ありがとうございます。
今後のアップデートで大きめのモデルも作成しやすくなると嬉しいです。

>マウスを近づけると黄色になるんですが、クリックしても水色に変わらないんです。
遅レスですがキャプチャ画像のものでは円筒の底の面が分離されていて辺が二つ以上重なっている状態なのではありませんか?
正常にベルト選択できていても、選択されていない辺で上書きされてしまっていて選択されていないように見えているのだと思います。

仕様の変更でしたか。お騒がせしました。
対応は不要です。

Ver3.1.1で複数光源の設定・取得関数を追加しました。
既存の単一光源へのアクセス関数が仕様変更になっているのでご注意ください。

Ver3.1.1でアンドゥ時にリストの選択状態が復元されるようになりました。
この後、当該の選択操作をしても問題は起こらなくなっています。

Ver3.1.1で以前と同様に垂直・水平に回転できるよう修正しました。

Ver3.1.1でUVが崩れないようにしました。