当方の環境ではワイヤーが表示されない現象を確認できません。何か特定の条件があるのでしょうか？
再現可能なデータなどあればご提供いただけると幸いです。

もしかして、材質の中に不透明度が1.00になっていないものがありませんか？
DirectX11で、奥行きを正確に表示オンのときは、
不透明度が1.00未満の材質を含むオブジェクトは曲面ワイヤー消えますよ。

あと内部数値で正確に1.00に満たないといけないようで、
例えば0.991から0.9999999のどれかにすると、材質設定画面の表示は1.00に変わるんですが曲面ワイヤー消えます。
0.99999991では消えないので8桁で繰り上げる仕様なんですかね。

材質の変更をしたくなければ、一時的な策ですが、表示から半透明を無効か有効に変更するという手もあります。

これでどうでしょうか？間違ってたり見当違いだったらすみません。

>管理者様、trbm様
原因が分かりました。
マルチマテリアルには問題が無く、アルファチャンネルが含まれるテクスチャが当たっていることが原因でした。
アルファチャンネルのテクスチャが当たっている状態で、DirectX11の半透明の「奥行を正確に」をオンにすると曲面ワイヤーが消えます。
半透明を「有効」にすることで、曲面ワイヤーは表示されました。

>管理者様
アルファチャンネルを含むテクスチャ、同じく不透明度が1.00以下の状態で「奥行を正確に」をオンの状態でも曲面ワイヤーが表示できるように対応できないでしょうか？

奥行きを正確にがオンだと消えるのを確認しました。先日試したときは問題なかったように思ったのですが、見落としか何かだったかもしれません。
次のリリースで修正いたします。

ローカル座標の概念は途中(確かVer2.xのどこか)から入ったものですが、もしローカル座標を基準にしてしまうと既存のすべてのプラグインに影響してまともに動作しなくなるので、互換性を保つために内部的には常にワールド座標のままで取り扱っています。
今後も変更予定はありません。

模様のテクスチャ用の画像はどのファイル形式でしょうか？
PNGなどで32bit（アルファチャンネル付き）の画像でしたら、透明マッピングを指定しなくても自動的にアルファチャンネルが透明用として扱われるので、こちらではないかと思うのですが。

画面上のボタンから表示→視点パネル→位置で設定できますよ。

勘違いしていました。ショートカットが効かないですね。
現行は常にメイン画面に作用しているので、マウスポインタが乗っている画面に対して効くのが理想ですかね。

Metasequoia 4では、ライセンスキーの有無によって利用目的が制限されることはありません。ライセンスキーがなくても商用目的にもご利用いただけます。
ただし、独自形式以外でのファイル出力をはじめ、多くの機能が制限されるため、少なくともStandard版のランセンスをご購入いただいた状態での利用をお奨めしております。予算に応じて購入のご検討もいただけると幸いです

>バージョン4.6.9（32bit）を使用しています。
>ファイル→名前をつけて保存→ファイルに種類　の中に、
>[MikuMikuDance format (*.pmd)]が表示されていないのですが、
>どうすればpmdで書き出しできるでしょうか？

ライセンス無しだったらどのみち出力できないけど、ライセンス登録したならなんだろね。